El Málaga Club de Fútbol, tal y como se conoce hoy, nació en el año 1994. Sin embargo sus orígenes se remontan a 1933. En aquel año se fundó el Club Deportivo Málaga, club que hizo las veces de primer equipo de la ciudad malacitana hasta 1992. Paralelo a este club existe, desde 1950, el Club Atlético Malagueño. “El Malagueño”, como se conoce más popularmente, es el club filial del Málaga.

Durante más de cuarenta años convivieron el C. D. Málaga y el Atlético Malagueño. El primero de ellos alternó temporadas en Primera y Segunda División, mientras que su equipo cantera se mantuvo en la Tercera División.

En el verano de 1992 el Club Deportivo Málaga desapareció, y durante dos años fue el Malagueño el heredero futbolístico del C. D. Málaga. Hasta el año 1994. Entonces, el Malagueño cambió de nombre y se convirtió en el actual Málaga Club de Fútbol SAD. Hoy día, todavía existe un Malagueño: el Málaga “B” recuperó ese nombre hace pocos años, cuando lo autorizó la RFEF.

El Málaga Club de Fútbol comenzó su andadura en Tercera División, pero rápidamente ascendió de categoría. En tres años ya había abandonado la Segunda División B, y ascendió de la división de Plata a la de Oro a las primeras de cambio, con sobresalientes resultados. El nuevo Málaga conquistó la Primera División en tan solo cinco años.

Después de varias temporadas de consolidación en Primera División, llegó una de ensueño para el Málaga: en el verano de 2002, el equipo malacitano se clasificó para disputar la UEFA tras hacerse con el título de la Copa Intertoto. De este modo, no solo consiguió su único título oficial, sino que también logró acceder a la Copa de la UEFA. En su primera y única participación llegó hasta los cuartos de final, apeado por el Boavista portugués en los penaltis.

El Málaga se mantuvo en Primera División hasta 2006, cuando descendió a la División de Plata. Entonces, Fernando Sanz pasó de capitán a presidente del club, se acogió a la Ley Consursal y comenzó el nuevo renacimiento de la entidad. Su andadura en Segunda duró dos años; el tiempo que tardó en subir de categoría. Desde entonces, ha superado sus problemas económicos y se ha mantenido en la máxima división del fútbol español.

En estos años, el Málaga ha continuado con el desarrollo de su equipo filial: el citado Atlético Malagueño. Hasta esta temporada, con la llegada de los nuevos propietarios, la cantera estaba desbancando a la cartera. De hecho, cuenta en sus filas con el jugador más joven en debutar en el fútbol profesional y marcar un gol: el delantero malagueño de dieciséis años, Juanmi. Es más: es el jugador más joven de la Liga en conseguir un doblete (en La Romareda, en la segunda jornada de esta campaña). El primer equipo del Málaga cuenta en sus filas con varios de sus canteranos como Manu Torres, Jesús Gámez, Gaspar o Recio.

En verano de 2010, el presidente Fernando Sanz, se vio obligado a buscar nuevos inversores para el proyecto. El jeque catarí Sheikh Abdullah Al-Thani se convirtió en el máximo inversor y presidente del club malacitano. En pocos meses el Málaga se ha rodeado de grandes jugadores de la talla de Sergio Asenjo, Demichelis, Maresca o Baptista. Todos ellos capitaneados por un entrenador de la talla de Manuel Pellegrini. Ahora, el renovado Málaga aúna grandes fichajes con una cantera de futuro.